La Fiscalía Especial Contra los Delitos Tributarios y Conexos (FE-CDT)  tiene como objetivos primordiales ejercer la acción penal pública en los delitos de Contrabando, Defraudación Fiscal, Instigación Pública a la demora o no pago de los tributos, Abuso de Autoridad, Violación de los Deberes de los Funcionarios, Cohecho, Fraudes, Exacciones Ilegales, Encubrimiento y demás formas de participación delictiva en materia tributaria, de acuerdo a lo establecido en la normativa aplicable del Código Penal y las leyes Tributarias y Fiscales especiales; siendo su objetivo primordial dar curso, realizar, dirigir y orientar técnica y jurídicamente todas las investigaciones conducentes de las denuncias que se presenten o que de oficio se instruyan contra cualquier persona natural y jurídica o sus representantes, en los ámbitos de su competencia.

De igual manera, tendrá amplias facultades para recabar, recolectar, asegurar y secuestrar de manera inmediata, todos los indicios y elementos de prueba derivados directa o indirectamente de la comisión de los delitos relacionados con actos de corrupción a efecto de presentar las acciones penales correspondientes, para su enjuiciamiento y condena.

Se regirá por los principios y valores generales que rigen la función fiscal y se determinan en el Reglamento Especial de la Dirección de Fiscalías, debiendo observar en todos los procedimientos administrativos, investigativos y judiciales las normas especiales y generales determinadas tanto por nuestra legislación interna, como por las normas convencionales externas ratificadas por Honduras en materia Tributaria.